Enero 8 de 1848

Es nombrado por segunda ocasión, después de casi dos meses del gobierno encabezado por Pedro María Anaya, del cual fue su ministro de Relaciones.

Desde Querétaro, durante su gobierno se firmarán los Tratados de Guadalupe Hidalgo el 2 de febrero de 1848, mediante los cuales México cederá a los Estados Unidos más de dos millones cuatrocientos mil kilómetros cuadrados de su territorio. A cambio el gobierno norteamericano ofrecerá una indemnización de quince millones de dólares, el pago de las reclamaciones que sus propios ciudadanos hacían al gobierno mexicano y defender la frontera de los ataques de los apaches.

Frente a la crítica por la firma de los Tratados, Peña y Peña escribió: “El que quiera calificar de deshonroso el Tratado de Guadalupe por la extensión del territorio cedido, no resolverá nunca cómo podrá terminarse una guerra desgraciada...Los territorios que se han cedido por el Tratado no se pierden por la suma de quince millones de pesos, sino por recobrar nuestros puertos, por la cesación definitiva de toda clase de males, de todo género de horrores, por consolar a multitud de familias... Demasiado sentimos ya la desorganización social, la inseguridad de las poblaciones y caminos, la paralización de todos los ramos de riqueza pública y la miseria general".

Después de celebrar elecciones y de entregar el poder ejecutivo a José Joaquín Herrera el 3 de junio de 1848, será elegido gobernador del Estado de México al año siguiente por un breve periodo (22 de marzo al 10 de mayo de 1849).

Morirá el 2 de enero de 1850 en la ciudad de México de cólera morbo. En reconocimiento, el Congreso decretará que en sus exequias se le rindan honores de capitán general.

Desde 1895 sus restos descansan en la Rotonda de las Personas Ilustres.

Doralicia Carmona. MEMORIA POLÍTICA DE MÉXICO.